三、WindowsNT文件系统
NTFS支持WindowsNT的所有优点。这些优点中最重要的是WindowsNT的安全性。与NTFS文件系统相结合，能够指定谁能访问某一文件或目录和对它作什么操作。在创建一个文件时，可以通知WindowsNT，哪些用户可以读该文件，哪些用户可以修改该文件;另外，还可以指定谁可以列出一个目录的内容和谁可以在该目录下增加文件。即使用户知道文件的路径，仍可以禁止访问目录中的文件，只有NTFS分区中的文件才有这种称为任意访问控制的能力。
NTFS的第二个优点是它具有先进的容错能力。NTFS使用一种称为事务(transaction)登录的技术跟踪对磁盘的修改，因此，NTFS可以在几秒钟内恢复错误而不是HPFS的几分钟或几小时(取决于HPFS分区的大小)。
NTFS的第三个优点是其文件不易受到病毒和系统崩溃的侵袭，这种抗干扰直接源于WindowsNT操作系统的高度安全性能。即使在FAT和NTFS两种文件系统在一个磁盘中并存时，由于NTFS文件系统只能被WindowsNT识别，一般的病毒还是很难在NTFS文件系统中找到生存空间。
对于大分区，NTFS比FAT和HPFS效率都高，FAT和HPFS比NTFS需要更多的空间来存储文件系统用于管理硬盘上文件和目录的信息。
此外，由于NTFS文件系统支持长文件名，人们给文件命名时现也不需受8.3命名规则限制，从而可以给文件起一个反映其意义的文件名。NTFS支持向下兼容，甚至可以从新的长文件名中产生老式的短文件名。当文件写入可移动媒体(如软盘)时，它自动采用FAT文件名FAT文件系统。
实际上NTFS的主要弱点是它只能被WindowsNT所识别。NTFS文件系统可以存取FAT文件系统和HPFS文件系统的文件，但其文件却不能被FAT文件系统和HPFS文件系统所存取，兼容性不是特别好。但从网络安全性的角度来说，这种限制也是一种优点，它可以保证如果其他操作系统没有Windows的安全控制，其用户就不能对NTFS分区中的文件进行访问。另外，如果引导驱动器(也就是C驱动器)使用NTFS文件系统，就不能使用Flexboot选项，因为DOS系统只能从C驱动器引导，但不能从NTFS驱动器引导。相对WindowsNT来说，它的引导分区可以是FAT、NTFS和HPFS。最后它还存在一个问题，那就是即使使用WindowsNT驱动程序，许多备份实用程序在操作NTFS分区时仍有问题。
四、高性能文件系统
OS/2的高性能文件系统(HPFS)主要克服了FAT文件系统不适合于高档操作系统这一缺点，HPFS支持长文件名，比FAT文件系统有更强的纠错能力。WindowsNT也支持HPFS，使得从OS/2到WindowsNT的过渡更为容易。HPFS和NTFS有包括长文件名在内的许多相同特性，但使用可靠性较差，也较低级。
上述的4种文件系统都为Windows所支持。总的来说，用户可以从文件系统的能力、文件系统的安全机制、使用的方便性以及相应的硬件环境等几个方面来综合考虑需安装的文件系统，单独选择其中一种文件系统或者它们中几种文件系统的组合，以使系统工作于最佳状态。
