Windows3.x和MS-DOS一直使用的是文件分配表(FAT)系统;Windows95使用的是扩展FAT文件系统;WindowsNT文件系统则在继续支持16位文件系统的同时，还支持两种32位的文件系统——WindowsNT文件系统(NTFS)和高性能文件系统(HPFS)。这几种文件系统各有优缺点，适合于不同的应用目的。
一、文件分配表(FAT)系统
FAT文件系统1982年开始应用于MS-DOS中。FAT文件系统主要的优就是它可以由多种操作系统访问，如MS-DOS、Windows3.x、Windows95/98/2k、WindowsNT和OS/2等。而且对于ARC兼容计算机来说，它的主分区必格式化为FAT分区，这个分区的大小只需能存放引导机器的文件就以了，而不会用于存放数据和其他应用程序文件。遗憾的是FAT文件统不支持长文件名。人们给文件命名时受8个字符名3个字符扩展名8.3命名规则限制。同时FAT文件系统无法支持系统高级容错特性，不具有内部安全特性等。
二、扩展文件分配表(VFAT)系统
在Windows95中，通过对FAT文件系统的扩展，长文件名问题得到了善解决，这也就是人们所谓的扩展FAT(VFAT)文件系统。在Windows95中，文件名可长达255个字符，所以人们很容易通过名字来表现文件内。但是为了同MS-DOS和Win16位程序兼容，它仍保留有扩展名。它同也支持文件日期和时间属性，为每个文件保留了文件创建日期/时间、文件最近被修改的日期/时间和文件最近被打开的日期/时间这三个日期/时间戳。Windows95的VFAT文件系统和下面将要提到的WindowsNT文件系统(NTFS)和高性能文件系统都支持长文件名。在使用这个特性时注意到以下几点:
1.由于长文件名将要占用多个目录项，因此，如果在根目录中建立文件名文件，将会影响根目录中可存放文件的总数目;如果在子目录中建立长文件名文件，将会多占用一些磁盘空间。
2.在MS-DOS下删除一个或改变一个由长文件名转换而来的文件名，将丢失其长文件名占用的用于保存长文件名的名字字符目录项和保存长文件名的类型信息目录项，这些目录项如果不做特殊处理的话，在一般MS-DOS下将永久无法使用。
3.一些现有的基于DOS的磁盘管理实用程序(如磁盘碎片消除工具、磁盘位编辑器和一些磁盘备份软件)处理FAT表项时，可能会破坏FAT表的长文件名项，但相应的8.3文件名不受影响。因此，我们应该尽可能使用Windows95提供的磁盘管理实用程序来执行文件备份、恢复等操作，以保留长文件名。
4.在MS-DOS和Windows3.x中运行的某些应用程序，由于它不能识别长文件名，使用这些应用程序打开带有长文件名的文件后再存储，长文件名将丢失。或者将一个带有长文件名的文件拷贝到不支持长文件名的系统中，则长文件名也将丢失。
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